La flora del Pirineo, con aproximadamente 3500 especies, es una de las más ricas y variadas de Europa. Si a lo anterior añadimos el grupo de plantas endémicas (las exclusivas del Pirineo) entonces, el valor de su riqueza florística todavía es mayor. Además, esta cadena montañosa ha funcionado como una verdadera barrera para las plantas que en tiempos pretéritos llegaron del norte y centro de Europa, Asia, etc. Debido a los separadas que están sus cumbres , se han comportado como istlas tierra adentro y hoy todavía guardan interesantes "tesoros" botánicos.

El clima y las variaciones de altitud hacen que el mundo vegetal se presente en diferentes niveles, más o menos paralelos, llamados pisos de vegetación. En el Parque podemos distinguir tres:

1. El piso montano
(900-1.000 m hasta los 1.700m); Es el país de los bosques caducifolios y los pinares de pino silvestre. Entre las especies destacadas están el roble pubescente con boj, la encina carrasca, la haya, el abedul, el álamo temblón, el avellano y el fresno.

2. El piso subalpino
(1.700 m a 2.300m). Encontramos aquí el límite del bosque natural con abeto y pino negro. En el sotobosque de estas coníferas destacan, en la umbrías, arbustos como el rododendro y el arándano, y plantas como la digital, el martagón amarillo o el rojo. En las zonas soleadas predominan el enebro, el piorno y la gayuba.

3. El piso alpino
(a partir de los 2.200 m): En estas altitudes, el clima es riguroso y el suelo permanece gran parte del año cubierto por la nieve, con heladas abundantes. El bosque se aclara progresivamente y deja paso a los prados alpinos. Cuando la nieve se transforma en agua aparecen las primaveras amarillas, rosadas y rojas; gencianas azules; ranúnculos multicolores...

Las plantas que viven a grandes altitudes tienen que soportar unas condiciones climáticas muy severas para las que han desarrollado variados y curiosos mecanismos de adaptación. Hay que tener en cuenta que aun a una misma altura se pueden dar condiciones ambientales muy diversas según sea el tipo de sustrato (calizo, acidificado, ...), la textura del mismo (impermeable, pedregoso, ...), la inclinación del terreno, exposición al viento, grad de insolación, etc., factores estos que no actúan aisladamente sobre las plantas, sino que están interrelacionados dando lugar a multitud de microambientes con una flora característica.

Esto es solo una pincelada de la extraordinaria diversidad de especies vegetales que ofrecen las montañas pirenaicas y es imposible reflejarlo aquí. Hay mucho y buena literatura al respecto que intentaremos incluir en esta sección en cuanto nos sea posible.